真菌de novo 测序

产品介绍常见问题经典案例结果展示


无限未来的创造者————真菌基因组

真菌基因组研究,是通过基因组测序和组装
获得真菌全基因组序列,并对其进行结构和功能研究的方法。依据研究目标所需精细程度的不同,
我们提供了真菌框架图、精细图和作为真菌精细图前置的真菌Survey三?#26893;?#21516;的解决方案。
对这些菌株的深入研究,也让我们能够更好的了解和利用真菌资源,创造出更大的价值。

多样化基因组解决方案

多平台的选择,不同精细程度的真菌基因组测序方案,适用不同研究背景,
为您量身定?#35889;釷室?#30340;真菌基因组解决方案。

产品 测序平台 测序策略 组装指标 适用范围 项目周期
真菌Survey Illumina PE150 350bp文库 ≥ 100X 估算基因组大小
评估组装难度
30个自然日
真菌框架图 Illumina PE150 350bp文库 ≥ 100X 大量菌株
框架测序
45个自然日
真菌精细图 PacBio PacBio文库 ≥ 100X
350bp文库 ≥ 50X
基因组<100 Mb
CN50*≥2 Mb;
基因组≥100 Mb
CN50*≥500 Kb
少量个体
精细组装
60个自然日

科学方案设计

从材料选取,建库测序,到数据分析,
每一步都需要科学、缜密的设计,?#21592;U细?#36136;量研究成果。

信息分析

分析内容=标准分析+高级分析。
不同精细程度的真菌基因组信息分析,解密真菌的发展历程,探?#31185;?#28508;在价值。

研究领域 具体内容 作用
基因组组装 基因组组装及结果评估 组装获得高质量的基因组序列
基因组结构研究 编码基因预测 多种预测途径获得可靠编码基因信息
ncRNA预测 预测非编码RNA结构
重复序列分析 分析基因组重复序列结构
基因基本功能注释 常见功能数据库注释
(NR、GO、KOG、KEGG 、Pfam 、SwissProt、TCDB、CAZy)
通过常见权威数据库解释编码基因功能
菌株致病相关研究 病原与宿主互作(PHI)、分泌蛋白、次级代谢产物基因簇、
细胞色素P450、真菌毒力因子(DFVF)
从胞外分泌、宿主互作等机?#24179;?#37322;菌株致病性

深入到位的数据挖掘

不论是个体深入变异解析,还是?#31166;?#36827;化历?#26041;舛粒?#25105;们都有完备的解决方案,
为您解决关心的生物学问题。

研究目标 应用技术 解决问题
个体深入变异解析 基因组间共线性分析 基因组一对?#36824;?#32447;性比较
寻找基因组间同源序列
基因组间变异检测 以共线性区域为基础
全面解析基因组间变异信息
?#31166;?#36827;化历?#26041;?#35835; 基因家族构建 基于MCL算法精准聚类
单拷贝基因用于进化分析
进化树构建 构建菌株间进化关系
解析菌株起源传播规律

悦读高质量测序数据,尽享HPC澎湃动力

真菌基因组测序采用先进的Illumina测序平台,快速、高效地读取高质量的测序数据。
诺禾致源高性能计算平台(High Performance Computing,HPC)采用DELL计算节点和Isilon存储的高效组合,
实现快速稳定的测序数据分析及交付。随着公司业务的发展,高性能计算平台将会持续更新并扩容,
?#21592;?#35777;高效的数据处理和安全的数据存储。

出色完成每一个项目?#26041;?/h3>

诺禾致源微生物客户遍布全球,截止2019年6月,已发表20余篇微生物基因组文章,
真菌基因组完成样品数超过2,000个,项目合作领域涵盖了动植物致病菌、工业菌、益生菌、环境菌株等广泛领域。
“科学的方案设计,?#32454;?#30340;质控管理,专业的分析团队,丰富?#21335;?#30446;经验,优质?#21335;?#30446;服务”
确保每一个?#26041;?#37117;能出色完成,助力科学研究。

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