细菌de novo测序

产品介绍常见问题经典案例结果展示


探究无限神奇的过去与未来

细菌基因组研究,是通过基因组测序和组装获得细菌全基因组序列,
并对其进行结构和功能研究的方法。依据研究目标所需精细程度的不同,我们提供了细菌框架图、
精细图和完成图三?#26893;?#21516;的解决方案。通过对这些细菌测序研究,
我们可以更好地了解和掌控菌株的生理过程,让细菌更好地为我们所用。

科学方案设计

从材料选取,建库测序,到数据分析,每一步都需要科学、缜密的设计,?#21592;U细?#36136;量研究成果。
多平台的选择,不同精细程度的细菌基因组测序方案,适用不同研究背景,
为您量身定?#35889;釷室?#30340;细菌基因组解决方案。

产品 测序平台 测序策略 组装指标 适用范围 项目周期
细菌框架图 Illumina PE150 350 bp文库 ≥ 100 X 大规模测序
快速扫描
30个自然日
细菌精细图 Illumina PE150 350 bp文库 ≥100X
6 Kbp文库 ≥100X
≤30 scaffolds 中等规模测序
适度精细
45个自然日
细菌完成图 PacBio 10 Kb SMRT 文库 ≥50 X 1 contig
0 Gap
少量菌株测序
精确到位
60个自然日

信息分析

分析内容=标准分析+高级分析。
不同精细程度的细菌基因组信息分析,解密细菌的发展历程,探?#31185;?#28508;在价值。

基因组组装 基因组组装及结果评估 组装获得高质量的基因组序列
基因组结构研究 编码/非编码基因预测 预测编码/非编码基因信息
重复序列分析 分析基因组重复序列结构
基因岛预测 预测基因组内基因岛结构
前噬菌体预测 预测基因组前噬菌体序列
CRISPR 预测 对基因组进行 CRISPR 预测
基因基本功能注释 常见功能数据库注释
(NR、GO、COG、KEGG、SwissProt、Pfam、TCDB、CAZy)
通过常见权威数据库解释编码基因功能
全基因组功能圈图展示(精细图/完成图) 全面总览基因组组分情况
基因组甲基化修饰分析(完成图) 总览基因组甲基化修饰情况
菌株致病相关研究 分泌系统效应蛋白、病原与宿主互作、分泌蛋白、次级代谢产物基因簇 从胞外分泌、宿主互作等机?#24179;?#37322;菌株致病性
细菌致病菌毒力因子和耐药基因注释(VFDB、 ARDB、CARD ) 毒力因子及致病性相关基因

深入到位的数据挖掘

不论是个体深入变异解析,还是?#31166;?#36827;化历?#26041;舛粒?#25105;们都有完备的解决方案,
为您解决关心的生物学问题。

研究目标 应用技术 解决问题
个体深入变异解析 基因组间共线性分析 基因组一对?#36824;?#32447;性比较
寻找基因组间同源序列
基因组间变异检测 以共线性区域为基础
全面解析基因组间变异信息
?#31166;?#36827;化历?#26041;?#35835; Core-pan基因解析 构建Core-pan基因集合
单拷贝基因用于进化分析
进化树构建、ANI、cgMLST 构建菌株间进化关系
解析菌株起源传播规律

悦读高质量测序数据,尽享HPC澎湃动力

细菌基因组测序采用先进的Illumina、PacBio测序平台,快速、高效地读取高质量的测序数据。
诺禾致源高性能计算平台(High Performance Computing,HPC)采用DELL计算节点和Isilon存储的高效组合,
实现快速稳定的测序数据分析及交付。随着公司业务的发展,高性能计算平台将会持续更新并扩容,
?#21592;?#35777;高效的数据处理和安全的数据存储。

出色完成每一个项目?#26041;?/h3>

诺禾致源微生物客户遍布全球,截止2017年12月,已发表20余篇微生物文章,
细菌基因组完成样品数超过20000个,项目合作领域涵盖了动植物致病菌、工业菌、益生菌、环境菌株等广泛领域。
“科学的方案设计,?#32454;?#30340;质控管理,专业的分析团队,丰富?#21335;?#30446;经验,优质?#21335;?#30446;服务”
确保每一个?#26041;?#37117;能出色完成,助力科学研究。

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